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Glossaire  Terme Définition Traits d’adaptation L’ensemble de traits liés à la reproduction et à la survie de l’individu dans un environnement de production particulier. Les traits d’adaptation contribuent à la santé individuelle et à l’évolution des ressources génétiques animales. Par définition, ces traits sont également importants pour la pérennité des ressources génétiques animales dans leur environnement de production. Agrobiodiversité OU diversité biologique agricole Cette composante de la biodiversité contribue à la production alimentaire et agricole. Le terme « agrobiodiversité » comprend la diversité au sein des espèces, entre les espèces et dans l’écosystème. Allèles Les différentes formes d’un gène. Base de données sur les ressources génétiques animales  Une base de données qui contient des inventaires de ressources génétiques animales agricoles et leurs parents sauvages directs, y compris toute information qui permet de caractériser ces ressources. Banque génomique (génétique) animale Un site qui a été prévu et agencé pour contenir des ressources génétiques animales. Ces sites comprennent l’environnement dans lequel la ressource génétique s’est développée ou se trouve habituellement (in situ) et les installations se situant ailleurs (ex situ – in vivo ou in vitro). Dans le cas d’une banque génomique ex situ et in vitro, le germoplasme est conservé sous une ou plusieurs des formes suivantes : semences, ovules, embryons et échantillons tissulaires. Modèle animal Il s’agit d’un système d’évaluation génétique qui permet d’estimer simultanément la valeur de reproduction des taureaux et des vaches. Ce système se base sur les données de production de l’ensemble des animaux reproducteurs identifiés pour arriver à une évaluation génétique. Rétrocroisement Une forme de croisement par lequel un individu est croisé avec un de ses parents. L’accouplement d’un individu hybride avec un individu parent de race ou de lignée pure. L’accouplement d’un individu (de race pure ou hybride) avec tout autre individu (de race pure ou hybride) avec lequel il partage une ou plusieurs races ou lignées ancestrales. Meilleure prévision linéaire non biaisée Une méthode de prévision génétique qui convient particulièrement lorsque les données de performance proviennent de groupes contemporains qui sont génétiquement différents. Biodiversité OU diversité biologique La variété de la vie sous toutes ses formes, à tous les niveaux et selon toutes les combinaisons possibles. Cela comprend la diversité génétique, spécifique et écosystémique. Race Soit une sous-espèce de bétail domestique aux caractéristiques externes définissables et identifiables qui permettent de les distinguer visuellement d’autres groupes définis de manière identique au sein d’une même espèce, soit un groupe pour lequel la séparation géographique et/ou culturelle de groupes phénotypiques semblables a entraîné l’acceptation de son identité à part. Race à risque  Toute race qui est susceptible de disparaître si les facteurs causant sa diminution en nombre d’individus ne sont pas éliminés ou mitigés. Une race peut être en voie d’extinction pour diverses raisons. Le risque de la voir disparaître peut résulter, entre autres, d’une faible densité de population ; d’impacts directs et indirects de la politique appliquée aux niveaux des exploitations agricoles, national ou international ; de déficiences organisationnelles par rapport à la gestion des races ; ou du manque d’adaptation aux demandes du marché. Les races sont souvent catégorisées selon leur niveau de risque sur base du nombre réel d’individus reproducteurs mâles et/ou femelles ainsi que du pourcentage de femelles de race pure. La FAO a établi les catégories de niveau de risque suivants : critique, menacé, critique-maintenu, menacé-maintenu et non à risque. Complémentarité des races Une amélioration de la performance globale des individus croisés qui résulte de croisements de types biologiques différents mais complémentaires. Race non à risque  Une race dont le nombre total de femelles et de mâles reproducteurs est respectivement supérieur à 1000 et à 20 ou dont la densité de population est proche de 1000 individus ; le pourcentage de femelles de race pure atteint presque 100% ; et la densité de population est en hausse. Objectif de reproduction Une combinaison pondérée de traits définissant la valeur de production totale qui servira à calculer l’index de sélection économique. L’objectif général d’un programme de reproduction – la notion de ce qui constitue le meilleur animal. Valeur de reproduction La valeur d’un individu en tant que parent (génétique) reproducteur. La partie de la valeur génotypique d’un individu qui résulte d’effets génétiques indépendants et donc transmissibles. Caractérisation des ressources animales génétiques   L’ensemble des activités associées à la description des ressources animales génétiques (RGA) qui visent à mieux connaître ces ressources et leurs situations respectives. La caractérisation par un pays de ses RGA comprendra le développement des descripteurs nécessaires à l’identification et à l’exploitation des principales RGA du pays, ainsi qu’à la surveillance de base et aussi plus poussée de ces populations ; ce qui inclut leur énumération ainsi que leur description visuelle, leur description génétique comparative dans un ou plusieurs environnements de production, leur évaluation et le suivi permanent des RGA à risque. Clone Une réplique génétique d’un autre organisme obtenue à travers un processus de reproduction non sexuel (sans fertilisation). Le clonage par transfert nucléique implique le transfert d’un noyau donneur à partir de cellules (cultivées) d’origine embryonnaire, fœtale ou adulte vers le cytoplasme récepteur d’un oocyte ou zygote énucléé, et le développement conséquent d’embryons et d’animaux. Les clones ont habituellement différentes mitochondries : des génomes. Race composite (synthétique) Un hybride qui provient d’au moins deux et généralement de plusieurs races. Les composites sont habituellement croisés avec leurs semblables de manière à maintenir un niveau de vigueur hybride qui est généralement associé aux systèmes de reproduction traditionnels. Conservation des ressources génétiques animales agricoles Ce terme fait référence à toute activité humaine (stratégies, plans, politiques et actions) entreprise afin d’assurer que la diversité des ressources génétiques animales agricoles soient préservées en vue de contribuer à la productivité et la production alimentaire et agricole présente et à venir. Coefficient de corrélation La mesure de l’interdépendance entre deux variables aléatoires dont la valeur oscille entre -1 et +1, indiquant une corrélation négative parfaite à -1, l’absence de corrélation à zéro et la corrélation positive parfaite à +1. Ce coefficient détermine la mesure dans laquelle les mouvements de deux variables sont associés. Fonctions de covariance Une fonction qui donne la covariance entre les données enregistrées aux temps ti et tj en tant que fonction des temps. Elle constitue l’équivalent dimensionnel infini des matrices de covariance. Race critique Une race pour laquelle le nombre total de femelles reproductrices est inférieur à 100 ou le nombre de total de mâles reproducteurs est inférieur ou égal à cinq ; le densité de population globale est proche de mais légèrement supérieure à 100 et en baisse et que le pourcentage de femelles de race pure est inférieur à 80 pour cent. Race critique-maintenue et race menacée-maintenue Catégories dans lesquelles les races critiques ou menacées sont maintenues par un programme public de conservation active ou au sein d’installations commerciales ou de recherche. Croisement L’accouplement entre mâles d’une race ou combinaison de races et femelles d’une autre race ou combinaison de races. Cryopréservation Un processus à travers lequel les cellules ou des tissus entiers sont préservés en les congelant à de fortes températures négatives comme (habituellement) -80°C ou -196°C (le point d’ébullition du nitrogène liquide). A ces basses températures, toute activité biologique, y compris les réactions biochimiques qui mèneraient à la mort des cellules, est effectivement interrompue. Le maintien de la viabilité des tissus ou organes excisés par congélation à des températures négatives extrêmes. Allèles diagnostiques Ces allèles sont propres à certaines races. Par exemple, l’allèle propre aux races indicines ou taurines. Ils sont utilisés pour déterminer la pureté des races et l’introgression d’un type de race dans une population donnée ainsi que pour déterminer la composition génétique des races. Valeur d’usage direct (VUD) La valeur financière des ressources utilisées à des fins domestiques. ADN (acide désoxyribonucléique) La longue chaîne de molécules dans la plupart des cellules qui contient le message génétique et contrôle toutes les fonctions cellulaires de la majorité des formes de vie. Banque ADN Le stockage d’ADN, qui peut être ou ne pas être le génome complet, mais qui devrait toujours être accompagné par les informations d’inventorisation. Remarque : à l’heure actuelle, il est impossible de rétablir les animaux à partir de l’ADN uniquement. Diversité animale domestique (DAD) L’ensemble des différences génétiques au sein de chaque race, et entre toutes les races au sein de chaque espèce d’animal domestique, ainsi que les différences entre les espèces. Tout cela peut contribuer à l’intensification durable de la production alimentaire et agricole. Transfert embryonnaire Une technologie reproductive à travers laquelle des embryons de femelles donneuses sont prélevés et transférés sous forme d’embryons frais ou décongelés vers des femelles receveuses. Race menacée Une race pour laquelle le nombre total de femelles reproductrices se situe entre 100 et 1000 individus et le nombre total de mâles reproducteurs est inférieur ou égal à 20 et supérieur à cinq. Une race pour laquelle la densité de population globale est proche de mais légèrement supérieure à 100 et en hausse, et le pourcentage de femelles de race pure est supérieur à 80 pour cent. Une race pour laquelle la densité de population globale est proche de mais légèrement supérieure à 1000 et en baisse, et le pourcentage de femelles de race pure est inférieur à 80 pour cent. Variance environnementale La variance causée par la variation environnementale (voir « Variation génétique »). Valeur de reproduction estimée Une prévision de la valeur de reproduction (voir « Valeur de reproduction »). Evaluation La mesure des caractéristiques importantes pour la production et l’adaptation des animaux de manière individuelle ou de leurs populations, le plus souvent dans le cadre d’évaluation comparative des traits de ces animaux ou populations. Conservation ex situ C’est littéralement la conservation hors site. Il s’agit du processus de protection d’une espèce menacée de plante ou d’animal qui consiste à la retirer d’un habitat peu sûr ou menacé et à en confier l’entièreté ou une partie aux bons soins de personnes ; par exemple, les zoos, les arboretums et les banques génétiques. Conservation ex situ de la diversité génétique animale agricole Toute conservation de matériel génétique animal agricole in vivo mais hors de l’environnement dans lequel il s’est développé, et in vitro, ce qui comprend entre autres la cryoconservation de semences, d’oocytes, d’embryons, de cellules et de tissus. Remarque : la conservation ex situ et la préservation ex situ sont ici considérées comme étant synonymes. Race éteinte Une race pour laquelle il n’est plus possible de recréer une population reproductrice. L’extinction est absolue lorsqu’il n’existe plus de mâles reproducteurs (semences), de femelles reproductrices (oocytes) ou d’embryons. Ressources génétiques animales agricoles Les espèces animales et leurs populations respectives qui sont utilisées ou peuvent être utilisées pour la production alimentaire et agricole. Ces dernières peuvent être classifiées en tant que populations sauvages et férales ; populations naturelles et primitives ; races standardisées ; lignages sélectionnés ; ainsi que tout autre matériel génétique conservé. Effet fixé Effets estimés en ayant uniquement recours aux informations tirées de données sur lesquelles se base une étude. Toute conclusion tirée quant à la moyenne estimée pour le trait ne sera applicable qu’à cette même étude. Ils peuvent être discrets ou continus. Les facteurs discrets présentent des niveaux distincts alors que les variables continues ont une série de valeurs qui sont supposées suivre un certain cycle (généralement linéaire ou quadratique). Gène L’unité d’hérédité transmise de génération en génération lors de la reproduction sexuelle ou asexuée. Plus généralement, le terme « gène » peut être usité lorsque l’on se réfère à la transmission et l’hérédité de traits identifiables particuliers. Génétique Une mesure de la similarité génétique entre n’importe quelle paire de populations. Cette distance peut être basée sur les traits phénotypiques, les fréquences allèles ou les séquençages ADN. Par exemple, la distance génétique entre deux populations ayant les mêmes fréquences allèles dans un certain locus, et en se basant uniquement sur ce locus, est de zéro. La distance pour un locus est maximale lorsque les deux populations sont fixées pour différents allèles. Lorsque les fréquences allèles sont estimées pour de nombreux loci, la distance génétique est obtenue en faisant la moyenne de ces loci. Distances génétiques Il s’agit d’une mesure des différences génétiques entre les populations (et donc de leurs relations génétiques) qui se fait au moyen de quantités numériques et qui font habituellement référence aux différences génétiques comme mesurées par une fonction des fréquences génétiques. Distanciation génétique La collecte de données sur les traits phénotypiques, les fréquences allèles marqueurs ou les séquences ADN pour deux populations ou plus, ainsi que l’estimation des distances génétiques entre chaque paire de populations. A partir de ces distances, on peut obtenir la meilleure représentation des relations entre toutes les populations. Gain génétique Le gain génétique représente la hausse de performance réalisée par le biais de la sélection génétique après une génération de sélection. Programme d’amélioration génétique Un plan systématique visant à améliorer la génétique de la performance animale. Marqueurs génétiques Un gène ou une séquence ADN dont l’emplacement est connu sur un chromosome et qui est associé(e) à un gène ou trait particulier. Un gène qui est associé phénotypiquement à un trait facilement identifiable et utilisé afin d’identifier une cellule ou un individu porteur de ce gène. Les marqueurs génétiques associés à certaines maladies peuvent être décelés dans le sang et employés en vue de déterminer si un individu risque de développer une maladie. Variance génétique La variance phénotypique résultant de la présence de différents génotypes au sein de la population. Au sein d’une population, la mesure dans laquelle la variance d’un phénotype particulier est causée par la variation génotypique. Variation génétique Dans le cadre de l’équation clé du changement génétique, il s’agit de la variabilité des valeurs de reproduction au sein d’une population pour un trait faisant l’objet d’une sélection. Génome Une ensemble complet de gènes et de séquences non codées présents dans chaque cellule d’un organisme ; ou les gènes dans un ensemble haploïde complet de chromosomes d’un organisme particulier. Génotype par interaction environnementale Une relation de dépendance entre des génotypes et leur environnement où la différence de performance entre deux génotypes ou plus change d’un environnement à l’autre. Hétérose Une hausse de performance des individus hybrides par rapport à celle des individus de race pure qui est la plus marquée au niveau de traits comme la fertilité et la capacité de survie. Environnement de production à intrants élevés Un environnement de production où tous les facteurs limitatifs pour la production animale peuvent être gérés de manière à assurer un haut niveau de survie, de reproduction et de production. Les risques liés à la production sont principalement limités par les décisions de gestion. Modèle idéal Un modèle proche d’un modèle réel et qui basé sur la compréhension du problème (voir « Modèle réel ») Conservation in situ Conservation sur le site. Il s’agit du processus de protection d’une espèce dans son habitat naturel, soit en protégeant ou en aménageant l’habitat lui-même ou en défendant l’espèce contre un prédateur. Conservation in situ de la diversité génétique animale agricole L’ensemble des mesures visant à maintenir les populations reproductrices d’animaux en vie, y compris celles impliquées dans les programmes actifs de reproduction dans l’écosystème agricole où elles se sont développées, ou là où on les trouve habituellement à l’heure actuelle ; ainsi que les activités d’élevage entreprises afin d’assurer la contribution continue de ces ressources à la durabilité de la production alimentaire et agricole présente et à venir. Valeur d’usage indirect (VUI) Ce sont les valeurs des fonctions de l’élevage qui ne sont pas financièrement quantifiées et ne sont donc pas prises en considération sur le marché commercial. Hétérose individuelle L’avantage qu’a un individu hybride par rapport à la moyenne des individus de race pure. Introgression Une stratégie de reproduction qui consiste à transférer des allèles favorables spécifiques d’une population donneuse à une population receveuse. Cela serait par exemple d’un grand intérêt pour les gènes responsables de la résistance aux maladies qui pourraient être introgressés dans une race susceptible mais qui est supérieure à la population donneuse sur le plan économique. Fonctions linéaires La fonction qui satisfait et pour tous les et dans le domaine, et tous les scalaires . Révolution de l’élevage Une expression commode qui résume une série de processus et de résultats complexes inter-reliés au niveau de la production, la consommation et la croissance économique résultant de la participation des pays en développement aux transformations à grande échelle qui avaient antérieurement eu lieu principalement dans les zones tempérées des pays industrialisés. Données longitudinales Données provenant de l’observation d’une population pour un certain nombre de variables pendant un certain temps. Lorsque l’on procède plus d’une fois à une observation, les données sont considérées comme étant longitudinales. Environnement de production à faibles intrants Un environnement de production où un ou plusieurs facteurs limitatifs exerce(nt) une sérieuse pression continue ou variable sur l’élevage ; ce qui mène à un faible taux de survie et de reproduction/production. Les risques liés à la reproduction/production sont soumis à des influences majeures face auxquelles les capacités de gestion humaines ne suffisent pas. Gestion des ressources génétiques animales agricoles La somme totale des opérations techniques, politiques et logistiques permettant de mieux connaître (caractérisation), exploiter et développer (exploitation), assurer la pérennité (conservation) des RGA, ainsi que d’améliorer l’accès aux RGA et de partager des bénéfices qu’elles dégagent. Sélection assistée par marqueurs (SAM) Sélection pour des allèles particuliers en utilisant des marqueurs génétiques. Technologie laitière axée sur le marché Les technologies laitières orientées vers les marchés. Par exemple, la fermentation, la pasteurisation, etc. Sélection en masse Une forme de sélection artificielle à travers laquelle seuls les individus munis de valeurs phénotypiques supérieures ou inférieures à certains seuils sont utilisés pour la reproduction. Hétérose maternelle L’avantage qu’a la mère hybride sur la moyenne des mères de race pure. Environnement de production à intrants moyens Un environnement de production où la gestion des ressources disponibles a suffisamment d’envergure pour surmonter les effets négatifs de l’environnement sur la production animale ; bien qu’il soit fréquent qu’un ou plusieurs facteurs limitent sérieusement la production, la survie ou la reproduction animale. Microsatellites De courtes séquences ADN non codées (une séquence ADN répétitive en tandem) qui sont plusieurs fois présentes au sein du génome d’un organisme. De nombreuses répétitions sont souvent concentrées dans le même locus. De courtes séquences ADN répétitives qui sont utilisées comme marqueurs génétiques afin de dépister l’hérédité dans les familles. Génétique moléculaire La partie de la génétique qui traite de la transmission et de la variation héréditaires au niveau moléculaire. Elle s’intéresse à l’expression des gènes en étudiant les séquences ADN des chromosomes. Programme de reproduction de troupeaux noyaux Un programme de reproduction coopérative dans lequel les animaux d’élite sont concentrés en un troupeau ou groupe noyau. Suite à cela, le germoplasme supérieur qui en résulte est disséminé parmi les troupeaux ou groupes coopératifs. Troupeaux noyaux Ce sont les troupeaux d’élite du programme de reproduction. Ils constituent une source de matériel génétique supérieur pour les troupeaux coopératifs. Hétérozygosité observée Le pourcentage de loci hétérozygueux par individu ou le nombre d’individus hétérozygueux par locus. Programmes de reproduction à noyau ouvert Un programme de reproduction coopératif dans lequel les animaux d’élite sont concentrés et sélectionnés en vue d’une amélioration génétique au sein de quelques troupeaux/groupes centraux desquels du germoplasme supérieur est ensuite disséminé vers d’autres troupeaux/groupes coopératifs. Modèle opérationnel Un produit générique d’un modèle idéal habituellement simplifié suite à un manque d’informations ou à des problèmes statistiques. Ce modèle permet un certain niveau de précision des prévisions. Il est basé sur des principes sous-jacents et des suppositions par rapport à un modèle idéal. Pléiotropie Le contrôle par un simple gène de plusieurs effets phénotypiques distincts et apparemment sans rapport. Environnement de production L’ensemble des relations intrant-produit dans le temps et à des endroits particuliers. Ces relations englobent les facteurs biologiques, climatiques, économiques, sociaux, culturels et politiques qui se combinent pour déterminer le potentiel productif d’un élevage donné. Traits de production Les caractéristiques des animaux ou de leur progéniture en matière de production telles que la quantité et la qualité du lait, de la viande, des fibres, des œufs, de la force de traction, etc. Ces traits contribuent directement à la valeur de ces animaux pour l’agriculteur et ils sont identifiables ou mesurables de façon individuelle. Les traits de production des animaux de la ferme sont généralement hérités de manière quantitative ; c’est-à-dire qu’ils sont influencés par de nombreux gènes dont l’expression chez l’animal reflète également les influences environnementales. Test de la progéniture Un test visant à faciliter la prévision des valeurs de reproduction d’un individu impliquant de multiples accouplements par cet individu ainsi que l’évaluation de sa progéniture. Reproduction pure L’accouplement d’individus de race pure de la même race. Locus de trait quantitatif (QTL) Un locus qui a un impact sur un ou plusieurs traits quantitatifs. Effet aléatoire Un facteur dans un concept expérimental dont les résultats peuvent être extrapolés à une population plus vaste et dont on peut supposer que l’échantillon à l’étude a été sélectionné de façon aléatoire. Coefficient de régression La pente d’une droite obtenue en utilisant l’ajustement linéaire par la méthode des moindres carrés. Critères de sélection Valeurs phénotypiques ou d’autres éléments d’information qui sont à la base des décisions de sélection. Index de sélection Une combinaison linéaire d’informations phénotypiques et l’évaluation des facteurs utilisés dans le cadre de la prévision génétique lorsque les données de performance proviennent généralement de groupes contemporains semblables. Intensité de sélection Une mesure de la position prise par certains éleveurs lors de la sélection des individus. La différence entre le critère de sélection moyen des individus sélectionnés comme reproducteurs et le critère de sélection moyen de tous les reproducteurs potentiels qui est exprimée en unités de déviation standard. Petit producteur Il s’agit d’un producteur qui élève habituellement un à trois animaux. Superovulation L’administration d’une hormone qui provoque une production ovulaire supérieure à la normale. Intensification durable des systèmes de production nationaux La manipulation d’intrants vers et des produits émanant des systèmes de production de bétail visant à accroître la production et/ou la productivité, et/ou à changer la qualité des produits, tout en maintenant l’intégrité des systèmes et de leur environnement à long terme de manière à satisfaire aux besoins des générations actuelles et futures. L’intensification agricole durable respecte les besoins et aspirations des populations locales et indigènes et tient compte des rôles et valeurs des ressources génétiques adaptées localement ainsi que de la nécessité d’arriver à un durabilité environnementale à long terme au sein et au-delà de l’écosystème agricole. Valeur économique totale Valeur économique totale = valeur d’usage direct + valeur d’usage indirect + valeur d’option + valeur de non usage Modèle réel Un modèle qui décrit parfaitement le cycle des données. Il n’est habituellement pas connu. Exploitation des ressources génétiques animales agricoles L’exploitation et le développement de ressources génétiques animales pour la production alimentaire et agricole. L’exploitation de RGA dans des systèmes de production qui enregistrent déjà de fortes facultés d’adaptation aux environnements concernés, et l’acceptation généralisée de principes génétiques sensés facilitera le développement durable des RGA ainsi que l’intensification durable des systèmes de production. L’exploitation judicieuse des RGA comprend une large gamme d’activités continues qui, pour arriver à leurs fins, doivent être planifiées et exécutées comme il se doit ainsi que combinées après un certain temps ; ce qui leur conférera un valeur supérieure. Cela nécessite une définition minutieuse des objectifs de reproduction ainsi que la planification, l’établissement et le maintien de stratégies efficaces de reproduction et d’enregistrement des données sur les animaux.